Medicīna
Gēnu inženierijas paņēmienus lieto medikamentu ražošanai. Ģenētiski tiek pārveidoti mikroorganismi, piemēram, baktērijas, kas ražo insulīnu. Ražošanas procesi notiek slēgtos apstākļos, tāpēc iespējama tikai netīša vides piesārņošana ar ĢMO.
Tiek veikti izmēģinājumi ar augiem, kuri izstrādātu medikamentus. Viens no pētījumu objektiem ir banānkoks, kura augļus varētu lietot vakcīnu vietā.
Zīdītājdzīvniekos ievieto cilvēku gēnus, lai to pienā, urīnā vai citur būtu proteīni, ko izmanto zāļu gatavošanai. Veiksmīgi pārveidotos dzīvniekus klonē.
Ar cūkām, pērtiķiem un citiem zīdītājiem tiek veikti pētījumi, kuru mērķis ir panākt, lai to sirdis un citus orgānus būtu iespējams pārstādīt cilvēkiem. Šai gadījumā bez ētiskas dabas iebildumiem pastāv arī risks, ka tiks pārnestas infekcijas, īpaši jaunas vīrusu infekcijas, kas tālāk var izplatīties plašā sabiedrībā.
Zinātnieki mēģina atrast gēnus, kas atbildīgi par noteiktu slimību rašanos, kā arī homoseksualitātes, kriminalitātes, inteliģences utt. gēnus. Tas atgādina fašisma cīņu par rases tīrību ar ģenētikas palīdzību – eigēniku, mēģinot atsvabināties no smagi slimajiem, invalīdiem, netradicionāli seksuāli orientētajiem vēl pirms to dzimšanas.
Vides aizsardzība
ĢM mikroorganismus izmanto vides piesārņojuma attīrīšanā. Pats pirmais ĢMO, ko patentēja, bija baktērija, kas paredzēta naftas piesārņojuma attīrīšanai. Tiesa, tā nekad nav tikusi izmantota iespējamās negatīvās ietekmes uz vidi dēļ. ĢM mikroorganismi ir lietoti Igaunijā, lai attīrītu piesārņotu ūdeni.
Mežsaimniecība
Ģenētiski modificētas ir vismaz 30 koku sugas, to skaitā ābeles, banānkoki, bērzi, bumbieres, gobas, kastaņas, papeles, persiki, plūmes, priedes, valriekstkoki. Koki tiek pārveidoti, lai tie augtu ātrāk, mazāk pūtu, atbaidītu kaitēkļus, būtu izturīgi pret herbicīdiem, piemērotāki papīra ražošanai, izturīgi pret salu, sausumu un augsnes sāļumu.
ĢM koku izmēģinājuma stādījumi tiek veikti bez pietiekamas kontroles un pētījumiem par to ietekmi uz apkārtējo vidi. Priežu putekšņi, piemēram, var pārvietoties un citas priedes apputeksnēt pat 600 km attālumā. Lai novērstu ģenētisko piesārņojumu, Vācijā ĢM papeles bija paredzēts nocirst, pirms tās uzzied. Tomēr tās uzplauka vairākus gadus pirms paredzētā laika.
Iespējamās nākotnes ainas paveras kā milzīgi zemes gabali, kuros aug tikai viena koku suga. Jaunie koki var izspiest vietējos lēnāk augošos kokus, iznīcinot mājvietas daudzām citām augu, dzīvnieku un mikroorganismu sugām. Pasaules dabas fonds (WWF) aicina kompānijas, kas apņēmušās lietot tikai ar ilgtspējīgiem paņēmieniem audzētus kokmateriālus, nelietot ĢM kokus.
Bioloģiskie ieroči
Teroristi un armijas sevi apgādā ne tikai ar šaujamajiem un ķīmiskajiem, bet arī bioloģiskajiem ieročiem: dažādām baktērijām un vīrusiem, kas izraisa epidēmijas, piemēram, mēri vai bakas. Ar samērā nelielu daudzumu bioloģisko ieroču iespējams nogalināt daudz cilvēku. Gēnu inženierija paver plašas iespējas pastiprināt šo bioloģisko ieroču iedarbību. Ir zināms par bijušajā PSRS radītu mēra paveidu, kas četras reizes bīstamāks par Sibīrijas mēri.
Ar gēnu inženierijas palīdzību, izmantojot zināšanas par cilvēku genomu, var radīt tādus bioloģiskos ieročus, kas iedarbotos tikai uz cilvēkiem ar kopīgām ģenētiskajām īpašībām, piemēram, noteiktas rases pārstāvjiem.
Kā bioloģiskos ieročus var lietot arī herbicīdus izturīgos augus. Ja teroristus atbalstošie cilvēki audzē kultūras, kas imūnas pret kādu herbicīdu, to kaimiņus var mierīgi nolemt badam, nomiglojot laukus no helikoptera ar šo herbicīdu. Herbicīdu lietošana karā vairs nav nekāds jaunums, tā tika izmantota Vjetnamā. Arī 2000. g. ASV narkotiku apkarošanas plāna ietvaros Kolumbijas laukus, iepriekš nebrīdinot, apmiglo ar raundapu. Iet bojā ne tikai kokas krūmi, bet arī pārējie augi, tiek piesārņots ūdens un cieš nevainīgi iedzīvotāji.